Tedbirli bir tarzda, civardan hizmete gelenler vasıtasıyla eserlerini yayıyor,Isparta ve di er yerlerle irtibatı devam ediyordu.Kastamonu'da sekiz yıl kaldıktan sonra, bu hizmetin durdurulamayıp daha da yayıldı ı görülünce 1943'de 126 talebesiyle Denizli A ır Ceza Makhemesi'ne sevkedildi.Prof Necati Lügal,Prof Y.Z.Yörükkan ve Türk Tarih Kurumu'nunda incelemesi neticesinde:"Bediüzzaman'ın siyasî faaliyeti yoktur.Eserleri ilmî ,îmânîdir.Kur'ân'ın tefsiri mahiyetindedir.Onun mesle inde cemiyetçilik ve tarîkatçılık yoktur."dedi.Mahkemece 130 parçalık külliyatın hepsine 15 Haziran 1944 günü beraat kararı verilip bu karar temyizce de tasdik edildi. Denizli mahkemesinde kendiside tarihi bir müdafada bulunmuştu.Müdafasının bir yerinde şöyle demişti: "Evet,biz bir cemiyetiz ve öyle bir cemiyetimiz var ki;her asırda üçyüzelli milyon mensupları var.Ve her gün beş defa namazla,o mukaddes cemiyetin prensiplerine kemâl-i hürmetle alâkalarını ve hürmetlerini gösteriyorlar....İşte biz,bu mukaddes ve muazzam cemiyetin efrâdındanız ve hususi vazifemiz de Kur'ânın imanî hakikatlarını tahkiki bir suretle ehl-i imana bildirip,onları ve kendimizi kurtarmaktır. E er laik cumhuriyeti soruyorsanız,ben biliyorum ki laik manası,bitaraf kalmak,yani hürriyet-i vicdan düsturuyla dinsizlere ve sefahatçilere ilişmedi i gibi,dindarlara ve takvacılara da ilişmez bir hükümet telakki ederim.Yirmi senedir ki hayat-ı siyasiye ve içtimaiyeden çekilmişim.Hükümet-i cumhuriye ne hal kesbetti ini bilmiyorum.El-iyazu billah,e er dinsizlik hesabına,imanına ve ahiretine çalışanları mes'ul edecek kanunları yapan bir dehşetli şekle girmiş ise,bunu size bilâ-pervâ ilan ve ihtar ederim ki bin canım olsa,imâna ve âhirete feda etmeye hazırım....." Denizli hapishanesinden çıktıktan sonra hükümet,o'nu Emirda ı nda ikamete gönderdi.Fakat hizmeti ilerledikçe hakkındaki kanunsuz şiddet uygulaması artıyordu.Kendisi : "Denizli hapishanesindeki bir aylık sıkıntıyı,Emirda ikametinde bir günde çekiyordum..." demiştir.Bir süre sonrakaymakamlık,camiye çıkmasını menetti.Prensip olarak,sadece hizmetle ilgili olanlarla zaruret miktarı görüşürdü.Halk ile temas etme fırsatını,yaptı ı gezintilerde bulurdu.Rastladı ı insanlara kısa dersler verir,irşad ve nasihatte bulunurdu. Derken 1948 ocak ayında,ülkenin çeşitli yerlerinden toplanmış ellidört talebesiyle Afyon da tutuklandı.